Jak udokumentować wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów

W używanym przez nas programie CDN-XL faktury wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów są przekształcane na faktury wewnętrzne sprzedaży i faktury wewnętrzne zakupu, które są ujmowane w rejestrach FWS - sprzedaży, FWZ - zakupu. Moja wątpliwość dotyczy tego, czy nie powinna być jedna faktura wewnętrzna ujęta w obu rejestrach VAT (zakupu i sprzedaży). Proszę o odpowiedź, czy mam prawo odliczyć VAT z faktury wewnętrznej zakupu?