Czy nienależnie wykazany podatek należy zapłacić

Spółka źle rozpoznała miejsce świadczenia. Potraktowała dokonaną transakcję jako import usług. Wystawiła fakturę wewnętrzną. Faktycznie import nie wystąpił. Podatek należny z tytułu importu został odprowadzony. Jednak urząd w trakcie kontroli zarzucił spółce, że faktycznie import nie nastąpił. Odliczony jednocześnie podatek powinna zwrócić, ponieważ odliczyła go nienależnie. Jednak należny odprowadziła prawidłowo, nawet jeśli fakturę wewnętrzną wystawiła niepotrzebnie. Spółka nie zgadza się ze stanowiskiem urzędu. Uważa, że ma prawo odliczyć VAT, skoro wcześniej naliczyła go i odprowadziła z tytułu importu. Co w tej sytuacji ma zrobić? Czy może jednak urząd ma rację?