Kto odpowiada za nieprawidłowości w rozliczeniach VAT – podatnik czy biuro rachunkowe?
Obowiązkowy KSeF zmienił sposób obiegu faktur, ale nie zmienił podstawowej zasady odpowiedzialności za rozliczenia podatkowe. Nawet jeśli przedsiębiorca korzysta z usług biura rachunkowego, to wobec fiskusa nadal odpowiada za prawidłowość ewidencji i deklaracji VAT. Szczególne znaczenie ma to w przypadku faktur, które trafiły do KSeF, lecz nie zostały pobrane i uwzględnione w rozliczeniach.
Przed wprowadzeniem obowiązkowego KSeF faktury były najczęściej przekazywane w formie papierowej lub przesyłane e-mailem, co oznaczało, że o momencie ich ujęcia w księgach decydowało fizyczne otrzymanie dokumentu.
KSeF zmienił ten model. Fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną z chwilą nadania jej numeru identyfikującego w systemie (art. 106na ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług; dalej: ustawa o VAT). Za otrzymaną przez nabywcę uznaje się natomiast, co do zasady, fakturę, której przydzielono numer KSeF lub która została udostępniona w systemie (art. 106na ust. 3 ustawy o VAT).
W praktyce oznacza to, że faktura wywołuje skutki podatkowe w zakresie VAT niezależnie od tego, czy została faktycznie pobrana przez podatnika lub biuro rachunkowe z KSeF. Bez znaczenia pozostaje również to, czy dodatkowo przesłano ją e-mailem.
Podatnik odpowiada za swoje rozliczenia
W relacji z urzędem skarbowym stroną zawsze pozostaje podatnik. To on odpowiada za: poprawność deklaracji, terminowe rozliczenie VAT, prawidłowość ewidencji, rozliczenie podatku naliczonego.
Dla urzędu skarbowego kontrolującego rozliczenia podatnika nie ma większego znaczenia, czy błąd powstał:
- z winy pracownika firmy,
- przez awarię programu,
- wskutek zaniedbania biura rachunkowego,
- przez brak procedur organizacyjnych.
Jeżeli faktury zakupowe nie zostały ujęte w rozliczeniach na czas, obowiązek uporządkowania ewidencji i dokonania korekt spoczywa na podatniku.
Co do zasady to podatnik odpowiada za prawidłowość rozliczeń podatkowych, niezależnie od tego, czy korzysta z usług biura rachunkowego.
Jakie mogą być skutki niepobrania faktur z KSeF
Prawo do odliczenia VAT przysługuje, jeżeli nabycie jest związane z działalnością opodatkowaną VAT, a podatnik posiada fakturę dokumentującą zakup. W przypadku faktur z KSeF moment ich otrzymania jest powiązany z udostępnieniem dokumentu w systemie. Jeżeli podatnik nie odliczy VAT w podstawowym okresie rozliczeniowym, może to zrobić także w jednym z trzech kolejnych okresów rozliczeniowych, a później również przez korektę deklaracji.
Jeżeli faktury zakupowe nie zostały ujęte w odpowiednim okresie, konieczne jest złożenie korekt. Przy większej liczbie dokumentów oznacza to często poprawianie kilku miesięcy rozliczeń.
Pan Tomasz prowadzi firmę remontową i rozlicza VAT miesięcznie. W kwietniu 2026 r. jego kontrahent wystawił w KSeF fakturę za zakup materiałów budowlanych na kwotę 25 000 zł netto plus 5750 zł VAT. Dokument został prawidłowo przesłany do systemu, jednak biuro rachunkowe nie pobrało go z KSeF, ponieważ pracownik odpowiedzialny za obsługę e-faktur przebywał na urlopie. W efekcie faktura nie została ujęta w JPK_V7 za kwiecień 2026 r., składanym do 25 maja 2026 r. Firma wykazała więc niższy podatek naliczony do odliczenia.
Problem wyjdzie na jaw dopiero 10 lipca 2026 r. podczas uzgadniania sald z dostawcą. Wtedy przedsiębiorca zauważy, że faktura została opłacona, ale nie została rozliczona podatkowo.
W takiej sytuacji przedsiębiorca nie straci prawa do odliczenia VAT, ponieważ zakup materiałów był związany z działalnością opodatkowaną VAT. Musi jednak poprawić swoje rozliczenia.
Może to zrobić na dwa sposoby:
- ująć fakturę w jednym z kolejnych okresów rozliczeniowych, gdyż nadal mieści się w ustawowym terminie do odliczenia VAT (tj. czerwcu albo lipcu 2026 r.), albo
- złożyć korektę JPK_V7 za kwiecień 2026 r., kiedy powstało prawo do odliczenia, i wykazać dodatkowe 5750 zł VAT naliczonego.
W praktyce przy fakturach zakupowych problemem najczęściej nie jest utrata prawa do odliczenia VAT, lecz konieczność późniejszego uporządkowania rozliczeń oraz składanie korekt po wykryciu nieujętych dokumentów. Z tego tytułu podatnik nie ponosi sankcji podatkowych, gdyż skorzystanie z odliczenia jest prawem a nie obowiązkiem podatnika. Sytuacja byłaby poważniejsza, gdyby nie uwzględniono faktur sprzedażowych. Ale konsekwencje podatkowe tego błędu również poniósłby podatnik. Biuro ponosi odpowiedzialność cywilną za popełnione błędy wobec swojego klienta i ma z tego tytułu zapewne wykupione OC.
- art. 86, art. 106na, art. 106nb ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (j.t. Dz.U. z 2025 r. poz. 775; ost.zm. Dz.U. z 2026 r. poz. 507)
Autor: Magdalena Miklewska
Artykuł pochodzi z e-poradni INFORLEX
POTRZEBUJESZ POMOCY?