Czy od zaliczki wypłaconej na poczet wynagrodzenia należy pobrać zaliczkę na podatek dochodowy

Nasz nowy pracownik poprosił o zaliczkową wypłatę części pensji, na co nasz szef wyraził zgodę. Przy wypłacie pracownik zdenerwował się, gdyż „na rękę” dostał mniej pensji niż się spodziewał (wcześniej pracował wyłącznie na podstawie umowy o dzieło). Następnego dnia zażądał, aby wypłacić mu także pobraną zaliczkę na podatek dochodowy. Twierdzi, że z zaliczki na poczet wynagrodzenia nie potrąca się zaliczki na podatek dochodowy, gdyż jest to rodzaj pożyczki, a odliczenia zaliczki na podatek dokonuje się dopiero w normalnym terminie wypłaty wynagrodzenia. Czy postąpiliśmy prawidłowo, czy rację ma pracownik?