Czy na podstawie pozasądowej ugody można zmienić tryb rozwiązania umowy o pracę

Pracownik rozwiązał z nami umowę bez wypowiedzenia z winy zakładu pracy. Powodem tego było niewypłacanie dwóch premii regulaminowych, które naszym zdaniem pracownikowi nie przysługiwały. Wystąpiliśmy więc do sądu pracy kwestionując ten tryb rozwiązania umowy. Obecnie porozumieliśmy się z pracownikiem co do zawarcia ugody pozasądowej w tej sprawie. Czy w jej wyniku możemy zmienić tryb rozwiązania umowy na porozumienie stron, mimo że od czasu rozwiązania umowy minął rok? Co się dzieje z wydanym świadectwem pracy w przypadku skuteczności tak zawartej ugody?