Jak odliczyć VAT w przypadku wpłaty zaliczki

Kupiliśmy samochód osobowy do celów prowadzonej działalności gospodarczej. Otrzymaliśmy fakturę na wpłaconą zaliczkę, a później fakturę na całość wartości auta. Czy do celów VAT należy rozliczyć fakturę zaliczkową i pomniejszyć odpowiednio drugą fakturę wystawioną na całą wartość zakupu? Czy można zaewidencjonować tylko tę drugą fakturę?