Pierwsze fundusze w tym nowym okresie programowania zostaną rozdzielone najprawdopodobniej dopiero za rok, czyli jesienią 2007 roku. Najpierw trzeba przygotować projekt systemu ich dystrybucji, który musi następnie uzyskać akceptację Komisji Europejskiej. Jednak już dziś wiadomo, że środki będą transferowane w sposób zdecentralizowany, w o wiele większym stopniu niż dotychczas - 60 proc. funduszy będzie przekazywana regionalnie, a jedynie 30 proc. przez instytucje centralne.